Protein Data Bank

от Уикипедия, свободната енциклопедия
Направо към: навигация, търсене

Protein Data Bank е хранилище за 3-D структурни данни на големи биологични молекули, като протеини и нуклеинови киселини. Данните, обикновено са получени чрез рентгенова кристалография или ЯМР спектроскопия и представени от биолози и биохимици от цял ​​свят, са със свободно достъпн в Интернет чрез интернет страниците на членуващите в нея организации (PDBe, PDBj и RCSB). PDB се наблюдава от една организация, наречена Световната Protein Data Bank, wwPDB.

PDB е ключов ресурс в областта на структурните биология, като структурната геномика. Повечето големи научни списания, както и някои агенции за финансиране, като NIH в САЩ, изискват от учените да представят своите данни за структурата на PDB. Ако съдържанието на PDB се смята, че като първични данни, съществуват стотици производни бази данни, които категоризират данните по различен начин. Например, SCOP и Cath категоризират структури, в зависимост от вида на структурата и установените еволюционен отношения; GO категоризира структурите, основавайки се на гените им. [1]

Източници[редактиране | edit source]

  1. Berman, H. M.. The Protein Data Bank: a historical perspective. // Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1). January 2008. DOI:10.1107/S0108767307035623. с. 88–95.