Ханиган е родена в Вашингтон, единствено дете на Емили (Познър) Хаас, агент по недвижими имоти и Ал Ханиган, шофьор на камион. Нейният баща е от ирландски произход, а майка ѝ – от еврейски.[1][2] Родителите ѝ се развели, когато била на две години и е отгледана от майка си в Атланта, Джорджия.[3]
На 11 октомври 2003 г. се омъжва за актьора Алексис Денисоф. Първата им дъщеря, Сатяна Мари Денисоф, се ражда на 24 март 2009 г. на рождения ден на Ханигън,[4], а втората им, Кийва Джейн Денисов, се ражда на 23 май 2012 г.[5] Ханигън и съпругът ѝ са кръщелниците на сина на Джос Уидън – Ардън.