Веднага след избирането си на 12 юли1691 г. Инокентий XII се обявява против непотизма[1], който от дълго време е един от най-сериозните проблеми в папството. През 1692 г. Инокентий XII издава булатаRomanum decet Pontificem и забранява честата практика по онова време папата да прави свои близки кардинали или да ги облагодетелстват с имоти, служби и парични средства. Освен това въвежда правило, че само един-единствен роднина на папата, и то „при условие че е подходящ като цяло“ би могъл да бъде издигнат до кардинал. В същото време Инокентий XII преразглежда симоническите практики и във връзка с това въвежда по-скромен и икономичен начин на живот в папския двор. Известно е твърдението му, че „бедните са неговите племенници“.
Инокентий XII въвежда редица реформи в църквата. Неговият понтификат се различава от този на мнозина негови предшественици по изявения уклон към Франция, вместо към Германия.
Инокентий XII е като един от разказвачите в дългата поема „Пръстенът и книгата“ (The Ring and the Book) на английския поетРобърт Браунинг, за основа на която е послужила истинската история за намесата на папата в исторически процес за убийство в Рим по време на неговото управление.
Смятаният за благочестив, самоотвержен и великодушен папа Инокентий XII умира на 27 септември1700 година, а на негово място идва папа Климент XI (1700 – 1721).