През 1990 година Василев става заместник-министър на здравеопазването, а през следващата година – министър в правителството на Филип Димитров, в което от май 1992 година е и заместник-председател на Министерския съвет.[1] През 1994-1995 година е отново вицепремиер и министър на здравеопазването в служебното правителство на Ренета Инджова.[3]
През 1998 година Никола Василев оглавява новосъздадената клиника „Обща и онкологична гинекология“ към Военномедицинска академия. [2] През 2000 година става национален консултант по акушерство и гинекология, а от 2002 до 2006 година е председател на Управителния съвет на Националната здравноосигурителна каса.