След войната е помощник-началник-щаб и участва в потушаването на проруския Офицерски бунт от 1887 г. На 1 април 1887 г. е произведен в чин майор, а на 18 август същата година е назначен за началник на Генералния щаб, след което е началник на Военното училище (1887 – 1891). На 2 август 1891 г. е произведен в чин подполковник и назначен за началник на Административния отдел в Щаба на войската (1891 – 1895). На 14 февруари 1892 г. е награден с орден „За заслуга“ „за усърдна и примерна служба“.[4] На 2 август 1895 г. е произведен в чин полковник. През 1896 – 1899 г. отново е началник на Генералния щаб, а след това е военен министър в правителствата на Димитър Греков, Тодор Иванчов, Рачо Петров, Петко Каравелов и Стоян Данев (1899 – 1903).[1][5] На 15 ноември 1900 г. е произведен в чин генерал-майор.
След напускането на правителството Паприков за известно време е инспектор на пехотата (1904 – 1905), след което е изпратен като дипломатически представител на България в Русия (1906 – 1908). На 17 април 1908 г. е произведен в чин генерал-лейтенант и същата година се уволнява от армията и става министър на външните работи и изповеданията в правителството на Александър Малинов. Той е на тази длъжност по време на обявяването на независимостта на България и играе важна роля за дипломатическата ѝ защита.[1]
Къщата на Стефан Паприков на ул. Кракра 16 (сега Българо-американска кредитна банка)
След падането на правителството на Малинов Стефан Паприков става пълномощен министър на България в Русия (1910 – 1912).
По време на Балканската война (1912 – 1913) е представител на България при Главната квартира на сръбската армия. Той участва и в българската делегация за сключването на Лондонския договор през 1913 г.[1]
Паприков е народен представител в XVII обикновено народно събрание (1914 – 1919). В периода 1915 – 1918 година е председател на Комисията за подпомагане на войнишките семейства.[1]
Генерал-лейтенант Стефан Паприков умира на 30 май 1920 година в София.
"Когато пиша тези бележки, здравето на генерал Паприков е съвсем компрометирано. Повече, той е на умиране. Умира от рак на стомаха." - Спомени от Добри Ганчев.[6]
Съединението 1885 – енциклопедичен справочник. София, Държавно издателство „д-р Петър Берон“, 1985.
Руменин, Румен. Офицерският корпус в България 1878 – 1944 г. Т. 5 и 6. София, Издателство на Министерството на отбраната „Св. Георги Победоносец“, 1996. с. 24.
България
Политика
