След Освобождението постъпва в Командата на волноопределяющите се, а по-късно във Военното училище в София и завършва в първия випуск през ноември 1879 г. Произведен е в чин подпоручик и зачислен в 1-ва пеша дружина. На 30 август 1882 г. е произведен в чин поручик, а през 1883 г. завършва Военната академия в Санкт Петербург и служи в 20-а пехотна дружина.[1] От 21 февруари 1884 г. е командир на 12-а пехотна дружина. На 30 август 1885 г. е произведен в чин капитан.
След напускането на правителството Паприков за известно време е инспектор на пехотата (1904 – 1905), след което е изпратен като дипломатически представител на България в Русия (1906 – 1908). На 17 април 1908 г. е произведен в чин генерал-лейтенант и същата година се уволнява от армията и става министър на външните работи и изповеданията в правителството на Александър Малинов. Той е на тази длъжност по време на обявяването на независимостта на България и играе важна роля за дипломатическата ѝ защита.[1]
Къщата на Стефан Паприков на ул. Кракра 16 (сега Българо-американска кредитна банка)
След падането на правителството на Малинов Стефан Паприков става пълномощен министър на България в Русия (1910 – 1912).
По време на Балканската война (1912 – 1913) е представител на България при Главната квартира на сръбската армия. Той участва и в българската делегация за сключването на Лондонския договор през 1913 г.[1]
Паприков е народен представител в XVII обикновено народно събрание (1914 – 1919). В периода 1915 – 1918 година е председател на Комисията за подпомагане на войнишките семейства.[1]
Генерал-лейтенант Стефан Паприков умира на 30 май 1920 година в София.
България
Политика
