Панайотов започва своята треньорска кариера в академията на ДИТ София, академия, подкрепяна от Септември София, когато е едва на 20 години. [1] През лятото на 2021г. премина в ЦСКА 1948, където води отбора до 17 години в елитната младежка група. [2] Панайотов е повишен в мениджър на основния отбор на 15 август 2023 г., като на 28 години става най-младият треьор, водил отбор в Първа професионална лига.[3]
Локомотив (ГО) (помощник)