Вторият сезон на телевизионния сериал „Д-р Хаус“ започва излъчване в Съединените щати на 13 септември 2005 г. и завършва 23 май 2006 г. с общо 24 епизода.
Кларънс, затворник, халюцинира своите жертви, поради което Хаус моли Стейси да му даде разрешително, за да го заведат в болницата. Междувременно, Камерън се възмущава, че Хаус е по-заинтересован от съдбата на Кларънс, отколкото от тази на една пациентка, болна от рак.
Съпрузите Марио и Мария Палко преживяват своите фантазии в леглото, до момента в който Марио спира да диша. Екипът на Хаус открива, че това е дължи на заболяване на белия дроб. Но каква е причината? Хаус предполага, че Мария крие една голяма тайна... Междувременно Уилсън разбира какво е да живееш заедно с Хаус.
Мелинда е младо момиче, които има проблеми с имунната система заради лекарствата, които е пила след трансплантация на сърце. Когато приятелят ѝ я посещава, тя получава остра алергична реакция. Хаус и Уилсън се опитват да изгладят проблемите при съвместното съжителство.
При извънкласно посещение на музей учителка вижда, че петгодишният ѝ възпитаник Йън кърви обилно. Хаус смята, че детето страда от болест, която преди години е убила негова пациентка.
Хаус трябва да работи много бързо, когато докарват млада жена с тежък случай на безсъние. Междувременно Камерън е бясна на Форман за това, че е задигнал статията, над която тя отдавна работи.
Хаус лекува петнайсетгодишно момче, лечител чрез вяра, и организира странно състезание с Господ, в което може да има само един победител. Уилсън страда, защото Хаус отказва да го покани на ежеседмичната игра на покер в дома си.
Полицаят умира но се забранява да се направи биопсия на тялото. Оказва се че в мозъка на д-р Форман и полицаят е имало амеба която е изяждала малко по малко мозъка. Форман за кратко загубва способността си да помни.
Пациент на име Джак Мориарти нахлува в офиса на Хаус и го прострелва. Докторът се събужда в болничната стая, а до него е и стрелецът. Обаче колко от това е истина?