Въз основа на морфологичните сходства се е предполагало, че гнетовите са групата растения, най-близка до покритосеменните, но молекулярните данни показват по-близка връзка с голосеменните.[1][2][3]
Gnetophyta се разделят на три разреда, всеки от които съдържа само по един род:
↑Bowe, L. Michelle; Coat, Gwénaële & dePamphilis, Claude W. (2000): Phylogeny of seed plants based on all three genomic compartments: Extant gymnosperms are monophyletic and Gnetales' closest relatives are conifers. PNAS97: 4092 – 4097.
↑Chaw, Shu-Miaw; Parkinson, Christopher L.; Cheng, Yuchang; Vincent, Thomas M. & Palmer, Jeffrey D. (2000): Seed plant phylogeny inferred from all three plant genomes: Monophyly of extant gymnosperms and origin of Gnetales from conifers. PNAS97: 4086 – 4091. PDF fulltext
↑Soltis, Douglas E.; Soltis, Pamela S. & Zanis, Michael J. (2002): Phylogeny of seed plants based on evidence from eight genes. American Journal of Botany89: 1670 – 1681 PDF fulltext