Тя е най-дългият и най-пълноводният приток на езерото Виктория. Образува се при сливането на реките Нябаронго(Nyabarongo) и Рувубу(Ruvubu), недалеч от езерото Рверу[1]. Водосборният ѝ басейн обхваща 60 000 km2[2]. Средното ѝ течение служи за граница между Руанда и Танзания.
Напоследък реката се приема като началото на р. Нил, тъй като е най-дългият приток на ез. Виктория. Водите, изтичащи от Кагера, се вливат във Виктория, изтичат през оттока на езерото р. Виктория-Нил, която преминава в р. Бели Нил и дава началото на великата африканска река Нил[1].
Протича на север, приемайки води от множество малки езера. В горното течение на реката се намира водопадътРусумо. В средното ѝ течение е разположен националният парк „Кагера“ и по нея преминава границата между Танзания и Руанда. В долното си течение преминава през Танзания и се влива в езерото Виктория на 40 km северно от гр. Букоба.
Плаването в по-голямата част на реката е невъзможно. Единственото пристанище на реката е в долното ѝ течение - Квака в Танзания[1].