Започва кариерата си в Нагоя Грампус Ейт през 2002 година. През 2003 става неизменен титуляр и дори получава повиквателна в националния тим на Япония. Въпреки това, той не попада в групата за Мондиал 2006. През 2008 иска да напусне Япония, за да продължи кариерата си в Европа и подписва с ВВВ Венло, но не успява да помогне на тима да се спаси от изпадане. Сезон по-късно е в основата на завръщането на ВВВ в Ередивизе. Изиграва 76 мача, в които вкарва 46 гола и записва 33 асистенции. Грандовете Аякс и ПСВ проявяват сериозен интерес към японецът, но цената му е твърде висока – 30 милиона евро. През декември 2009 преминава в ЦСКА Москва. Хонда вкарва победния гол за ЦСКА в мач-реванш от 1/2 финал на Шампионската лига срещу ФК Севиля от пряк свободен удар. След Мондиал 2010 формата му спада и Хонда престава да попада в стартовия състав на ЦСКА. Все пак към края на сезона японецът отново е сред лидерите на отбора. Сезон 2011/12 започва силно за него – той отбелязва 7 гола, но получава травма и пропуска доста мачове. През зимния трансферен прозорец е на крачка от Лацио, но сделката пропада в последния момент. През март 2012 отново получава контузия и се завръща в игра на 16 април срещу Динамо Москва. Хонда става един от лидерите на ЦСКА и към него има интерес от страна на италианския Милан, но до трансфер не се стига до началото на 2014 г., когато преминава при росонерите като свободен агент.
През 2010 Хонда е повикан да играе на Световното първенство в Южна Африка за националния си отбор. В груповата фаза успява да отбележи 6 гола в 7 мача – победното попадение в двубоя с Камерун както и първия гол при победата с 3:1 срещу Дания. Благодарение на тези попадения, отборът му успява да стигне до осминафинал въпреки тежката група в която се намират. До момента Кейсуке Хонда има отбелязани 24 гола в 65 мача за Япония.
