1. Информацията за мачовете и головете включва само местните първенства и е актуална към 17 септември 2015. 2. Информацията е актуална към 28 юни 2010.
Кариерата на Жилберто Силва започва в Америка Минейро. През 2000 преминава в Атлетико Минейро. От 2002 до 2008 е футболист на Арсенал. На 11 август 2002 прави дебюта си за „Артилеристите“. Жилберто се конкурира със сънародника си Еду. Сезон 2003/04 е по-добър за Силва, той изиграва 32 мача в първенството. През сезон 2004/05 изиграва само 17 мача, тък като е контузен и отсъства от терените 7 месеца.
През следващия сезон Жилберто отново е титуляр, тъй като капитанът Патрик Виейра преминава в Ювентус и конкуренцията на неговия пост намалява. Играе за Арсенал във финала на Шампионската лига, загубен от Барселона с 2 – 1. През сезон 2006/07 е избран за втори капитан на Арсенал. В началото на 2007/08 се очаква Жилберто Силва да стане капитан, но лентата е връчена на Уилям Галас. Бразилецът губи титулярното си място за сметка на Матийо Фламини. Жилберто играе значително по-рядко отпреди. През 2008 подписва с Панатинайкос. Той печели титлата и купата на Гърция през сезон 2009/10.