Българо-епирският съюз притеснява Латинската империя, която вероятно търси приятелство също с българската държава. Нарастващото влияние на българския цар в Константинопол кара Теодор Комнин да насочи внимането си срещу България. Известно е, че Теодор Комнин търси подкрепа и материална помощ от императора на Свещената Римска империя Фридрих II Хохенщауфен за предстоящата война с България.[2]
Епирският деспот Теодор Комнин се насочва към България с целта да разгроми българската армия и да осигури пътя си към Константинопол. След като епирската армия достига до Адриянопол, тя се насочва покрай брега на река Марица към Пловдив. В същото време, като преминава Стара планина при Трявна, към Тракия се спуска малобройна българска войска. Иван Асен II успява да мобилизира единствено търновски полкове, конни дружини на областните войводи, пешаци, които кефалиите успяват да съберат за кратко време, хиляда кумански наемници и други български доброволци.[1] Епирците отблъскват няколко български отряда и достигад до река Клокотница, завземат крепостта Трапезица и се разполагат на стан на широката поляна на левия бряг на реката. Георги Акрополит описва събитията по следващия начин:
„
Отвъд река Клокотница се издига плоско възвишение, на което стърчат няколко самотни дъба, разперили мощни вде още голи клони като ръце, протегнати към небето. По-нататък се редуват надиплени хълмове, увенчани с гъсти гори. Най пробуждащата за нов, плолетен живот земя владее мир и спокойствие. Пред очите на епирските стражи не се мярка нищо съмнително. Те не подозират, че в тъмните лесове вече ги дебнат възмездието и смъртта
“
На 9 март 1230 г. двете войски се сражават на същото място (Клокотница). Епирците претърпяват тежко поражение, Теодор Комнин е пленен заедно с фамилията си и най видните епирски боляри. Византийският писател, съвременник на събитието, Георги Акрополит пише следното:
„
Йоан Асен бил обаче настроен човеколюбиво спрямо пленената войска и пуснал на свобода повечето войници, предимно най простите, отпращайки ги по техните села и градове.[1]
След битката при Клокотница българските войски, командвани от Иван Асен II, се насочват на юг към епирските владения, които са превзети без особена съпротива. Областите на Тракия, Македония и Албания са присъединени към българското царство. През същото време Епир, Тесалия и Сръбското кралство (което подкрепило ромеиската държава във войната) поемат васални отношения към България.[1]
