Учреден е през 2002 г. Дотогава представителният отбор на града е ФК „Етър“, създаден през 1924 г. и шампион на България за сезон 1990/91. След 2003 г. по-старият клуб поддържа само детско-юношеска школа.
Етър 1924 заиграва във В група без обаче да стане приемник на предшественика си. Още през първия си сезон завършва първи и печели промоция за професионалния футбол. Записва девет поредни сезона в Б група. През 2004 г. тимът прави пробив в турнира за купата на България, като отстранява с 1:0 Славия, а после отпада от Левски в мач, посетен от 8000 зрители на стадион „Ивайло“.
През сезон 2011/12 записва най-доброто си постижение в историята, като печели Източната Б група и влиза в елита.[2]