1. Информацията за мачовете и головете включва само местните първенства и е актуална към 8 декември 2013. 2. Информацията е актуална към 15 октомври 2013.
Карагунис започва кариерата си в Панатинайкос. През 1996 преминава в Аполон Смирнис, където играе два сезона. След това отново е футболист на Панатинайкос. През първия си сезон вкарва 6 гола в 24 мача. През сезон 2000/01 играе във всички срещи на ПАО в Шампионската лига. Успява да вкара на Манчестър Юнайтед от пряк свободен удар. През 2003 е закупен от „Интер“. Там е съотборник с още трима футболисти от балканския полуостров – Деян Станкович, Емре Белозоглу и Синиша Михайлович. Йоргос не успява да се наложи при „Нерадзурите“ и от 2005 до 2007 е играч на Бенфика.[1] В Бенфика е и сънародникът му Константинос Кацуранис. За два сезона се превръща в ключова фигура за „лисабонските орли“. През 2007 халфът заявява, че иска да се върне в Гърция. Той има договор с Бенфика за още един сезон, но той е прекратен по взаимно съгласие. От лятото на 2007 играе за родния си клуб Панатинайкос. Става и капитан на отбора. На 3 септември 2009 преподписва до 2012 година. Участва на Евро 2012, където е капитан на Гърция. В третия мач от групата срещу Русия изравнява рекорда по брой мачове на Теодорас Закоракис (120) и вкарва единственото попадение в мача, класирайки Гърция на 1/4 финал. През септември 2012 преминава във „Фулъм“ със свободен трансфер.[2][3]
Месец по-късно изиграва 121-вия си мач за Гърция и подобрява редорда на Закоракис за най-много участия с националната фланелка.
