Отборът е основан е през 1946 г. под името „Черноморец“, останало до 1948 г. След 1949 г. с раздробяването на отборите на принципа на ДСО, в Несебър са създадени две – „Динамо“ и „Червено знаме“. През 1957 г. дружеството за физическа култура и спорт „Черноморец“ е възстановено. От 1979 г. до 1993 г. и от 1996 г. до 2001 г. се казва „Слънчев бряг“. През 2001 г. футболният клуб става общински. Най-голям успех е 15-о място в „А ПФГ“ през 2004/05 г. Играе мачовете си на „Градски стадион“ с капацитет 10 000 зрители. Основният екип е изцяло в синьо, а резервния е изцяло в бяло. През сезон 2022/23 ОФК Несебър печели промоция за Втора лига, но се отказва от участие поради липса на финанси. Неговото място се заема от отбора на ФК Черноморец 1919 (Бургас).
Сезон 2025/26 бе изключително успешен за ОФК Несебър, след като тимът спечели шампионската титла в Югоизточна Трета лига. Делфините бяха най-добрият отбор във всички четири групи на Трета лига, вкарвайки 116 попадения в 36 мача, което прави средно по 3.22 гола на мач. [1] Така тимът спечели промоция за Втора лига, където ще се състезава през сезон 2026/27.
През лятото на 2026 година, Несебър осъществи престижен изходящ трансфер, след като Калоян Недев премина в юношеския отбор на Лацио U17. [2]