„Бананц“ е основан през 1992 г. в град Абовян, област Котайк. Поради тази причина от 1992 до 1995 г. отбора се нарича „Бананц“ Котайк. В края на сезон 1995 г. „Бананц“ изпада във финансова криза. Собствениците на отбора решават, че е по-добре Бананц да се обедини с другия отбор в Абовян – Котайк. През 2001 г. „Бананц“ се отделя от Котайк Абовян и си премества седалището в столицата Ереван.
В началото на 2003 г. „Бананц“ се обединява със „Спартак“ Ереван, като името на новия отбор е „Бананц“. „Спартак“ взима школата на Бананц и по-късно я преименува на Бананц-2. След обединението, Бананц взима много от футболистите на „Спартак“ и печели купата на Армения през 2007 г.