Сред основните задачи на Варненския конгрес е анализиране на резултатите от Илинденско-Преображенското въстание от лятото на 1903 година. На конгреса са разкритикувани начините на водене на бойните действия по време на въстанието. По отношение на бъдещото управление на революционната организация конгресът иска да се въведе „изборност на ръководните тела от долу до най-горе, да се осигури и на низовите кадри участие както в управлението на организацията, така и определяне на насоките на революционното движение“.[1]