Музеят се помещава в сграда, проектирана от архитект Патроклос Карандинос и е пример за съвременните архитектурни тенденции на Гърция. Построен през 1962 г., музеят получава ново крило през 1980 г., в което са показани находките от Вергина до 1997 г. През 2001 и 2004 г. музеят е реставриран и неговите постоянни експозиции са реорганизирани.
Централните стаи притежават експонати от археологически разкопки, проведени в Солун и Македония. Новото крило е домакин на две изложби: „Златото на Древна Македония“, с артефакти от некрополи в Текелиево (Синдос), Агия Параскеви, Наръш (Неа Филаделфия), Макриялос, Айватово (Лете), Сяр и Ашиклар (Европос) и „Солунско в праисторията“ с материали от праисторически селища, датиращи от неолита до ранната и късната бронзова епоха.