Именно във Висшата лига Алонсо отбелязва и първия си гол като футболист на Ливърпул – гол от пряк свободен удар срещу отбора на Фулъм. Алонсо става герой, когато през 2005 се играе финала на Шампионската лига между отборите на Ливърпул – Милан. На полувремето Милан води с 3 – 0. През втората част футболистите на Ливърпул показват добра игра и резултатът става 3 – 2. В края на мача Ливърпул получава дузпа, изпълнена от Алонсо. След изстрела вратарят на Милан отбива топката, но при втория изстрел Алонсо не греши и Ливърпул изравнява. Впоследствие Ливърпул печели след изпълнение на дузпи.
В началото на август 2009 г. преминава в Реал Мадрид, а „кралският клуб“ плаща за него трансферна сума в размер на €30 милиона.[1][2] На 8 януари 2014 Алонсо подписва нов договор с Реал Мадрид до лятото на 2016 година. Новият договор включва и увеличение на годишната му заплата от 4,5 млн. на 6 млн. евро.[3][4]
На 28 август 2014 г. спортният директор на Байерн Мюнхен – Матиас Замер съобщава за медиите, че Шаби Алонсо е договорен и ще играе за германския шампион за следващите 2 сезона.[5] Ден по-късно новината е потвърдена и от Реал Мадрид, а още същия ден Алонсо е представен официално като играч на Байерн.[6][7][8] Трансферната сума не се споменава, но според повечето спортни източници тя е в размер на 10 млн. евро.[9][10]