Мъгленската епископия е наследник на Хераклийската - с център Хераклея Линкестис. Епархията носи името на областта Мъглен и вероятно е с център крепостта Мъглен.[3] Първото споменаване на епископията е в грамотата на император Василий II Българоубиец от 1018 година, с която се установяват границите на Охридската архиепископия.[4] При археологическите разкопки в крепостта е разкрита епископската базилика, катедрала на Мъгленската епархия.[5]
След разрушаването на крепостта Мъглен, центърът на епископията се мести в богатото планинско село Нъте.[3] Епископ Антим (1691 – 1699) е споменат като Мъгленски и Молисхи (Μογλαινών και Μολεσχών) и вероятно Молиската епархия е слята с Мъгленската. Тази титла се задържа до XVIII век в различни форми: Мъгленски и Молиски (Μογλενών και Μολισκού), Мъгленски и Молосхи (Μογλενών και Μολοσχών, Μογλενών και Μολισχού).[6] В 1719 година Мъгленската епископия с център в Нъте е превърната в митрополия (Μογλενών).[3]
В 1762 година, след потурчването на мъгленския епископ в 1759 година, седалището на митрополията е преместено в Катраница и митрополитската титла става Мъгленски и Катранишки (Μογλενών και Κατρανίτζης). За мъгленски и катранишки епископ през декември 1762 година е избран Герман.[3][7] Понякога името е само Катранишки (Κατρανίτζης).[3]
След това седалището за кратко е преместено в Емборе, като катедрална църква е „Свети Мина“.[8] Центърът ѝ става Лерин при Неофит (1824 - 1858).[9] В 1925 година името на епархия е сменено от Мъгленска и Леринска (Μογλενών και Φλωρίνης) на Леринска и Мъгленска (Φλωρίνης και Αλμωπίας). В 1924 година от епархията е отделено Кайлярско и е образувана новата Неапелагонийска епархия, закрита в 1935 година.[10] До 1943 година епархията е Леринска, Преспанска и Мъгленска (Φλωρίνης, Πρεσπών και Αλμωπίας). От 1943 година е Леринска, Мъгленска и Еордейска (Φλωρίνης, Αλμωπίας και Εορδαίας). С решение на Светия Синод на Църквата на Гърция от 22 юни 1967 година носи сегашното си име, след като Мъглен е предаден на Воденската епархия.[11]
Подписът на църковнославянски на анонимния епископ на Мъглен под акта за сваляне на патриарх Йоасаф II Константинополски в 1565 г.Различни печати на Мъгленската митрополияКондика на Мъгленската митрополия при митрополит Антим и секретаря му Аристид Т. Янопулос от Бунар Хисар, 7 март 1907 г.Документ на Мъгленската митрополия, 1912 - 1913 г.Телеграма от Поликарп Лерински до премиера Венизелос с молба военните да освободят сградата на бившата българска община в Лерин, за да може да се използва като гимназия, 1914 г.
Споменат от охридския архиепископ Димитър Хоматиан, като „Светия Мъгленски“ (Ιερώτατο επίσκοπον Μογλαίνων), получил подкрепата му срещу обвиненията, че е ръкополагал в диоцеза на Вселенската патриаршия[12]
Името му като Мъгленски и Катранишки митрополит (Μητροπολίτου Μογλενών ή Μογλενών και Κατρανίτσης)[6] се среща в много документи с подписа му, при него в 1759 или 1770 година е ислямизиран Мъглен и седалището се мести в Катраница[14]
Тази статия е за православната епархия. За римокатолическата вижте Мъгленска епархия (Римокатолическа църква). 
