1 Поради военните действия в Грузия, срещата е определена да се изиграе в Турция, но ВИТ Тбилиси не получава разрешение за напускане на страната. Ето защо срещата се решава в един мач.
Първи кръг
Жребият се тегли на 29 август 2008 г. в Монако. Първите срещи се играят на 18 септември 2008 г., реваншите са на 2 октомври 2008 г.
Жребият за шестнайсетина финалите се провежда на 19 декември 2008 г. в Нион (Швейцария). Освен първите 3 отбора от всяка от осемте групи се включват и отборите, завършили на 3-то място в групите на Шампионска лига 2008/09. Първите срещи се играят на 18 и 19 февруари, реваншите са на 26 февруари 2009 г.
Жребият за осминафиналите на Купата на УЕФА, също се тегли на 19 Декември 2008 г. Първите срещи се играят на 12 март, реваншите са на 18 и 19 Март 2009 г.