Лига Европа 2013/14 ще е 43-тото издание на този турнир, който до сезон 2008/09 се е наричал Купа на УЕФА. Автоматично за основната фаза се класира носителят на трофея. Всички други участници трябва да преминат през четири квалификационни кръга или влизат директно като загубили плейофите за влизане в групите на Шампионската лига. Предварителните кръгове започват на 4 юли 2013, а финалът се играе на 14 май 2014 г. на Ювентус Арена в Торино.
В предварителните кръгове ще се определят групи, вероятно на базата на географската близост, за да се намалят максимално разходите за транспорт на клубовете. Вече в определените от УЕФА групи ще бъде приложен принципа на клубните коефициенти, който разделя отборите на „поставени“ и „непоставени“. Един „поставен“ отбор се среща срещу „непоставен“, като първият избран отбор ще е домакин в първата среща. Чисто национални срещи са изключени.
1 На 27 август Апелативният спортен съд потвърди наказанието, наложено от УЕФА над Фенербахче, с което турският клуб е отстранен от по-нататъшно участие в европейските клубни турнири тази година и за последващите две години, в които клубът се класира за тях. Причината е доказан случай на уреждане на мачове. Мястото на Фенербахче в Лига Европа е определено на 30 август чрез жребий от 29-те отпаднали отбора на плейофите за Лига Европа. Жребият орпедели това да е отборът на АПОЕЛ Никозия.
2 На спешно заседание на УЕФА беше решено норвежкият Тромсьо да заеме мястото на Бешикташ в Лига Европа, след като турският клуб бе дисквалифицирани от УЕФА заради доказано уреждане на мачове.
3 На спешно заседание на УЕФА беше решено ПАОК Солун да заеме мястото на Металист Харков в Шампионската лига, след като Металист бяха дисквалифицирани от УЕФА заради доказано уреждане на мачове. Ето защо срещите между Макаби Тел Авив и ПАОК Солун бяха отменени, като израелците автоматично се класират за груповата фаза на Лига Европа.
Жребият се проведе в Монако на 30 август 2013. 48-те отбора са разделени в 4 урни в зависимост от коефициентите им в класацията на УЕФА, като носителят на трофея е поставен в Урна 1 автоматично. Отборите са разделени в 12 групи по 4 отбора, като два отбора от една държава не може да се паднат в една група.
В групата отборите играят на принципа всеки-срещу-всеки на разменено гостуване. Мачовете се играят на 19 септември, 3 октомври, 24 октомври, 7 ноември, 28 ноември и 12 декември 2013.
Победителите в групите и завършилите на второ място продължават в следващата фаза, докато отборите на трето и четвърто място прекратяват своето участие. Към тези 24 отбора се присъединяват 8 отбора, завършили на 3-то място в групите на Шампионска лига 2013/14. По този начин 32 отбора участват във фазата на директните елиминации. За шестанйсетинафиналите поставени са 12 победителя от групите, както и 4 най-добри отбори, идващи от Шампионската лига, като нова среща между отбори играли вече помежду си в групите е изключена. Отделно два отбора от една федерация не могат да се срещат. Жребият се състоя на 16 декември 2013 г. в Нион, а мачовете се играят на 20 и 27 февруари 2014 г.
От 1/8 финалите няма списъци с поставени и непоставени отбори. Тегли се по системата „всеки срещу всеки“, като първият изтеглен отбор ще е домакин в първата среща. Жребият се състоя на 16 декември 2013 г. в Нион, заедно с този за 1/16 финалите, а мачовете се играят на 13 и 20 март 2014 г.
.jpg)
Основна статия: 
Тотнъм Хотспър
Рубин Казан
Наполи
Трабзонспор
Олимпик Лион
Лудогорец Разград
Ред Бул Залцбург
Базел
Айнтрахт Франкфурт
Генк
Кардосо